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A universidade foi fundada em 1959, quando o Parlamento sul-africano (já durante o período do apartheid) aprovou a criação de um campus da Universidade da África do Sul, na Cidade do Cabo, exclusivamente para negros. A criação de campus e universidades exclusivamente para negros neste período está ligado a um contexto maior de supressão da oposição política negra, a introdução de medidas repressivas pelo governo, e o desenvolvimento de estruturas de controle da população negra no país.

Em 1960, as primeiras turmas foram formadas, com um total de 166 alunos no campus. Em 1970, o campus se tornaria uma universidade própria, com o nome de Universidade de Western Cape. Em 1975, após um grande número de protestos, foi apontado o primeiro reitor negro da universidade. Em 1982, em um documento apontando os objetivos da universidade, a universidade formalmente se posicionou contra a ideologia do apartheid.