FC Cartagena

O Cartagena foi fundado em 25 de julho de 1995, no lugar do Club Deportivo Balsicas, devido a graves problemas econômicos do primeiro time da cidade, Cartagena FC, cujo primeiro presidente foi Florentino Manzano. Nos primeiros oito anos, era conhecido como Cartagonova Fútbol Club e jogou pela primeira vez na terceira divisão na temporada 1998-99.

O clube então mudou seu nome para Fútbol Club Cartagena e Luis Oliver assumiu a presidência, iniciando sua gestão com o clube imerso em problemas econômicos e próximo do rebaixamento. Salvado da dobra pelo empresário local Francisco Gómez após a campanha de 2002–03, consolidou-se no terceiro escalão e conseguiu outra promoção, agora para a segunda divisão, em 2009.

O time histórico Cartagena FC, que foi fundado muito antes, atuou como time reserva entre 2003 e 2009, eventualmente recuperando sua independência. Na temporada da segunda divisão de 2009–10 Efesé quase conseguiu outra promoção, terminando eventualmente na quinta posição; todas as esperanças de promoção foram frustradas na 41ª e penúltima rodada, com uma derrota fora de casa por 0-1 contra o Recreativo de Huelva.

O clube foi rebaixado da segunda divisão no final de 2011–12. Em maio de 2015, um gol no final de Carlos Martínez salvou o clube de uma nova queda ao vencer um play-off na regra dos gols fora de casa contra Las Palmas Atlético. Três anos depois, a equipe caiu na última barreira de promoção para Extremadura UD por um único gol.

Em 19 de julho de 2020, o Cartagena foi promovido à Segunda Divisão após uma ausência de 8 anos.