O FK Istiklol Dushanbe Sub21 é um clube de futebol da Tajiquistão da cidade de Dushambé. Atualmente disputa a segunda liga de futebol do país. O clube foi fundado em 2007 como time reserva do FK Istiklol Dushanbe, sendo integrado principalmente por jogadores sub-21.
O Istiklol II conquistou o título da segunda liga em 2018 e, portanto, foi promovido para a primeira divisão, a Liga Superior do Tajiquistão. O clube fez história na temporada de 2019, ao se tornar campeão nacional. Esta foi a primeira vez que uma equipe reserva conquistou o título da competição.
O Istiklol II tem se destacado por formar vários jogadores para a seleção da Tajiquistão, tendo inclusive alguns conquistado títulos na primeira divisão do país, e o mais importante, a Taça de Independência do Tajiquistão em 2018 e 2022. O clube também tem conquistado a maioria das copas em que disputou e venceu duas edições da Supercopa do Tajiquistão, em 2018 e 2019.
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