São Paulo Futebol Clube é um clube brasileiro de futebol, da cidade de Macapá, capital do estado do Amapá.
Fundado no início de fevereiro de 1988, o São Paulo prometia um futuro promissor. Contava com o patrocínio de uma rede de mercados locais gerida pelo sr. Rodrisvan Cerqueira, que apostava no time, investia e participava das decisões, parecendo ser competente. A equipe disputou torneios não-oficiais com combinados e amistosos e se saiu bem, no balanço geral ao final do ano. No ano seguinte, quando ingressou no primeiro estadual, erros cometidos pela diretoria e outros detalhes fizeram o time fazer uma campanha ruim. No outro ano, a mesma coisa. Cerqueira se chateou com o que chamou de "irresponsabilidade esportiva" e deixou de patrocinar e de intervir na equipe.
O São Paulo só piorou. Sem os investimentos e sugestões de Cerqueira, a equipe foi tão mal que em 1992 nem chegou a disputar estadual: fez apenas alguns treinos e um único amistoso, contra a seleção de Macapá, e perdeu por dois a zero. Decidida a levantar o time, os cartolas buscaram e conseguiram algum investimento externo e, além de melhorar as finanças do time, trouxeram alguns atletas de fama local. O time não disputou estadual em 93, mas venceu os quatro amistosos que jogou e foi vice-campeão no Torneio de Ouro Macapá promovido por uma rede de lojas local.
Em 1994 a equipe volta ao estadual para fazer uma campanha razoavelmente boa, com a base do ano anterior. Em 1995 e 1996, a mesma coisa. No entanto, a falta de público e a baixa renda com o patrocinador, que andava desinteressado, gerou nova crise econômica. O São Paulo dispensou empregados e vendeu todos os atletas. Em 1997 o time de novo não participou do estadual, e foi pulverizado nos amistosos, uma vez que a equipe que jogava era formada de amadores, conhecidos de dirigentes, muitas vezes voluntários.
Nos anos seguinte, a conta do time foi se recuperando e a coisa foi menos vergonhosa, até que em 2004 um litígio na diretoria levou o clube ao rebaixamento.
Em 2005 não conseguiu nem se regularirzar-se para a disputa da segunda divisão amapaense daquele ano, ficando sem jogar alguma competição profissional em 2005.
Em 2007 jogou a segunda divisão estadual daquele ano, sendo vice e perdendo o campeonato para o Santos.
Em 2014 foi vice campeão da primeira divisão após ficar 3 pontos atrás da equipe do Santos.
No Campeonato Amapaense de Futebol de 2024 fez a pior campanha de sua história,sendo pela primeira vez rebaixado para a Segunda Divisão do Amapá,sendo matematicamente rebaixado no dia 29 de março após perder de 3x1 para a equipe do Trem em Macapá. Após o rebaixamento a equipe alegou que foi prejudicada por "manipulação de resultados".