O FC Nakhichevan Rostov é um clube de futebol profissional russo da cidade de Rostov do Don. Foi fundado em 1992 e joga atualmente na Segunda Divisão Russa, o terceiro nível do futebol russo.
O clube foi fundado por um grupo de empresários armênios que viviam em Rostov do Don. O nome do clube é uma homenagem à cidade armênia de Nakhchivan, que fica localizada na fronteira com o Irã.
O FC Nakhichevan Rostov começou a sua história na Quarta Divisão Russa, o quarto nível do futebol russo. Em 1995, o clube conquistou o título da Quarta Divisão e foi promovido para a Terceira Divisão.
Na Terceira Divisão, o FC Nakhichevan Rostov conseguiu se manter por três temporadas. Em 1998, o clube conquistou o título da Terceira Divisão e foi promovido para a Segunda Divisão.
Na Segunda Divisão, o FC Nakhichevan Rostov se estabeleceu como um clube forte e competitivo. Em 2001, o clube conquistou o título da Segunda Divisão e foi promovido para a Primeira Divisão, o segundo nível do futebol russo.
O FC Nakhichevan Rostov ficou na Primeira Divisão por apenas uma temporada. Em 2002, o clube foi rebaixado para a Segunda Divisão.
Na Segunda Divisão, o FC Nakhichevan Rostov permaneceu por mais sete temporadas. Em 2009, o clube foi rebaixado para a Terceira Divisão.
Na Terceira Divisão, o FC Nakhichevan Rostov ficou por três temporadas. Em 2012, o clube conquistou o título da Terceira Divisão e foi promovido para a Segunda Divisão.
O FC Nakhichevan Rostov está atualmente na Segunda Divisão. Em 2020, o clube ficou em 10º lugar na classificação.
O FC Nakhichevan Rostov tem uma grande torcida armênia. O clube também é conhecido por sua forte academia de juniores.