The Estonia national under-21 football team represents Estonia in international under-21 football competitions and is controlled by the Estonian Football Association (Eesti Jalgpalli Liit), the governing body for football in Estonia.

The team's home ground is the Lilleküla Stadium in Tallinn, and the current manager is Roman Kozhukhovskyi. Estonia have never qualified for the UEFA European Under-21 Championship. They compete in the biennial Under-21 Baltic Cup and have won the tournament in 2014.

A Seleção Sub-21 da Estónia é a seleção de futebol masculino de jogadores com menos de 21 anos da Estônia, controlada pela Federação Estoniana de Futebol. Sua sigla é EJL.

A equipe disputou a Primeira Liga da Letônia entre 2017 e 2022, jogando suas partidas em casa no Kadriorg Stadium, em Tallinn. No entanto, o clube foi forçado a fechar as portas em 2022 devido a problemas financeiros.

O FK Estônia participou pela última vez da Primeira Liga da Letônia em 2022, onde terminou em 9º lugar na classificação geral. O clube jogou um total de 167 partidas na Primeira Liga da Letônia, vencendo 77, empatando 32 e perdendo 58. A equipe marcou um total de 372 gols e sofreu 259 gols.

O FK Estônia também participou da Copa da Letônia em diversas ocasiões, sendo vice-campeão na temporada de 2018/19.

O clube é conhecido por sua forte rivalidade com o FC Flora Tallinn, que também é sediado em Tallinn. As duas equipes se enfrentaram em várias ocasiões ao longo dos anos, com o Flora Tallinn levando vantagem no histórico de confrontos.

O FK Estônia também tem uma forte rivalidade com o JK Nõmme Kalju, outro clube de Tallinn. As duas equipes se enfrentaram em várias ocasiões ao longo dos anos, com o Nõmme Kalju levando vantagem no histórico de confrontos.

O FK Estônia fazia parte do sistema de ligas de futebol da Estônia, que é composto por quatro divisões: a Meistriliiga, a Esiliiga, a Esiliiga B e a IV Liiga. A Meistriliiga é a divisão mais alta do futebol estoniano, enquanto a IV Liiga é a divisão mais baixa.

O FK Estônia estava na Esiliiga, a segunda divisão do futebol estoniano, antes de ser forçado a fechar as portas em 2022.