A Seleção Quirguiz de Futebol representa o Quirguistão nas competições de futebol da FIFA.
Com a dissolução da URSS, em 1991, o Quirguistão faria sua primeira partida internacional no ano seguinte, contra o Uzbequistão, válido pelo Torneio da Ásia Central. O jogo terminou em 3 a 0 para os uzbeques.
Nos anos seguintes, a equipe colecionaria apenas derrotas e empates. As piores derrotas neste período foram um 6 a 2 para o Uzbequistão e um 5 a 1 favorável ao Turcomenistão. Em 13 de junho de 1997, o Quirguistão sofreria sua mais dura derrota na história: um 7 a 0 para o Irã, em partida realizada na cidade de Damasco, na Síria. Ironicamente, sua mais expressiva vitória ocorreria nove dias antes: 6 a 0 frente as Maldivas.
Durante a passagem de Sergey Dvoryankov, o Quirguistão utilizou jogadores naturalizados para melhorar o desempenho (os ganeses David Tetteh, Elijah Ari e Daniel Tagoe, o camaronês Claude Maka Kum e os alemães de origem quirguiz Viktor Maier, Vitalij Lux, Viktor Kelm e Edgar Bernhardt).
Nunca disputou uma Copa do Mundo, e até a edição 2019 da Copa da Ásia, jamais classificou-se para o torneio, que foi realizado nos Emirados Árabes Unidos. Comandado pelo russo Aleksandr Krestinin e juntamente com China, Coreia do Sul e Filipinas, o Quirguistão foi o segundo colocado entre os melhores terceiros de cada grupo (atrás apenas do Bahrein) e quase obteve uma classificação histórica para as quartas-de-final, mas foi eliminado pela seleção anfitriã por 3 a 2 - mandou inclusive 3 bolas na trave, uma delas a 15 segundos do apito final. Vitalij Lux foi o artilheiro quirguiz na Copa da Ásia, com 3 gols (na primeira fase, e todos feitos contra as Filipinas).
Até então, sua única competição oficial foi a ELF Cup de 2006, mas o time enviado pelos quirguizes era, na verdade, de futsal.